スウェーデン南部スコーネ地方の農村で育った腕白坊主な少年ニルスは、友達にいじわるを家畜にいたずらをして両親を困らせていたが、両ある日、部屋の隅にあった木箱から飛び出した妖精を怒らせてしまって体が小さくなる魔法をかけられてしまった。
小さくなったことで動物と会話する能力を得たニルスだったが、身体の大きさが逆転してしまったことから、これまでニルスにいじめられていた家畜達の逆襲をうけてしまい、逃げる最中に空を飛ぶことにあこがれていたガチョウのモルテンの初飛行に遭遇して、アッカがリーダーを務めるガンの群れと共に旅することとなった。